V městském parku je několik cenných dominant, např. javor stříbrný (Acer saccharinum) s obvodem cca 5 m, skupina dospělých dubů letních (Quercus robur) a zimních (Quercus petrea) a 3 vrby bílé (Salix alba), které se nachází proti městské hale Roháč. Jedna z těchto vrb patří se svým obvodem kmene 630 cm k nejmohutnějším stromům v Třeboni. V lokalitě na Parkánech se nachází pěkné exempláře magnolií (Magnolia sp.). Dominantou je zde mohutný dub letní (Quercus robur) v bezprostřední blízkosti Bertiných lázní, který je osídlen tesaříkem obrovským (Cerambyx cerdo).
Pozoruhodný je také tis obecný (Taxus baccata) za klubovnami u domu dětí. U země má obvod více než 1 m.
Lípa srdčitá (Tilia cordata)
Small Leaved Lime/ Winter-Linde
Lípa srdčitá má menší listy, matně zelené (na rozdíl od lípy zelené). Květenství uspořádané po 10 až 15 květech, rozkvétají na přelomu června a července. Lípa je českým národním stromem, ale oblíbená pro svou všestrannost je v celé oblasti svého rozšíření – Evropě a západní Asii. Její květy jsou medonosné, léčí nachlazení i horečku. Měkké dřevo se hodí k ručnímu opracování a lýko sloužilo k výrobě mnoha věcí denní potřeby. Lípa srdčitá dorůstá až 40 metrů výšky a obvodu kolem 7 metrů. (v současnosti v ČR největší “Tatrovická lípa“ má obvod kmene 1120 cm. Lípa je dlouhověký strom, dožívá se až 600 let. Miluje bohatou humózní půdu a její původní rozšíření bylo v úrodným nížinách a středních polohách, ale je schopná života na nestabilním skalnatém podloží stejně jako v lužním lese. Strom má obdivuhodnou schopnost přežití – obráží z pařezů, vyhnilé stromy jsou schopné žít s pouhou skořepinou svého kmene (uvnitř si lípa vytváří nový systém vzdušných kořenů), padlé větve nebo celé kmeny znovu zakořeňují (hříží).
Tento strom byl vypěstován Výzkumným ústavem Silva Taroucy pro krajinu a okrasné zahradnictví v Průhonicích jako přímý, geneticky shodný potomek jediné památné lípy v k. ú. Třeboň u Opatovického mlýnu – rouby odebrány v lednu 1995.
Komenského sady
Sady císaře Františka Josefa – tak byl 12. března 1916 na slavnostním sezení městského zastupitelstva pojmenován nový městský park zakládaný v letech 1906 – 1910 za chlapeckou školou, dnešní Základní školou Sokolská, první budovou vystavěnou v těchto místech v letech 1897 – 1898. Široký pás podmáčených luk mezi hradbami města a Budějovickým předměstím, zvaných jednoduše Blata, kterými procházela Světská stoka z výpusti rybníka a stoka obtékající město zámeckým parkem, byl nejprve mohutně navezen, aby k první výstavbě vůbec mohlo dojít.
V letech 1901 – 1904 pak začal být zavážen podmáčený terén mezi chlapeckou školou a Novým dvorem. Navážka byla tak silná, že jí padly za oběť i původní vzrostlé dřeviny v okolí školy – v roce 1908 musel být skácen mohutný topol, poslední z původního stromořadí i lípy při silnici – žádný z těchto stromů se nedokázal vyrovnat s terénními úpravami v jeho blízkosti. Sami žáci nové školy se pak pomocí tzv. stromkových slavností podíleli na prvních výsadbách nového parku. Jako další vznikla na bývalé knížecí chmelnici v dnešní ulici Na Sadech v roce 1906 nová budova gymnázia. Cesta od chlapecké školy ke gymnáziu byla osázena červenými hlohy, v mladé výsadbě byla i zahrada s verandou pro děti z městské opatrovny, tenisové kurty, lavičky a zákoutí zvané „V nebíčku“.
Po vzniku Československa byl původní název sadů nepřijatelný, takže vzhledem k blízkosti obou škol, odsouhlasila městská rada roku 1919 změnu názvu na Komenského sady. Nová rozrůstající se čtvrť za gymnáziem postupně celý prostor sadů obklopila. Původně malý čtvercový rybníček Benýdek s ostrůvkem uprostřed v prostoru dnešní pošty a zemědělského učiliště, připomínaný poprvé roku 1586 a pojmenovaný po tehdejším třeboňském hejtmanovi, zpočátku značně získal na rozloze, protože jeho břehů bylo využito k zavážce sadů. Ještě ve dvacátých letech, kdy přibyla budova okresního úřadu, dnes Základní školy Na Sadech, ležela část rybníku mezi okresním úřadem a gymnáziem a teprve později byl definitivně zavezen.
Po válce zůstaly Komenského sady poněkud stranou zájmu, ale nakonec se v letech 1979 – 1983 dočkaly generální rekonstrukce v rámci projektu obnovy všech městských parkových ploch Zahradní architekturou Želešice u Brna. Z parku zmizely grafiózou napadené jilmy a výsadba byla zpestřena novými druhy dřevin. Vzniklo originální „špalkové“ dětské hřiště i odpočinkový prostor s plastikou „Letící torzo“ od brněnského akademického sochaře Miloše Vlčka.